성기능장애의 원인은 다양하고 복합적입니다. 신체적 원인. 정신적이거나 내적 요인, 대인관계상 갈등, 행동적 원인, 혹은 이러한 원인들이 복합되어 기능장애를 일으킬 수 있습니다. 신경계, 혈관계, 내분비계의 상호작용에 의해 성기능이 관장되므로 이러한 기능 증 어느 것이라도 영향을 줄 수 있는 질환이나 약물은 잠재적 또는 명시적으로 성기능 장애를 초래할 가능성이 있습니다. 또한 다양한 종류의 스트레스, 정서장애, 성기능이나 성의 생리학적 측면에 관한 무지에 의해 성기능이 저하될 수도 있습니다.

성기능장애는 타고날수도 있고 후천적으로 획득되기도 합니다. 또 성기능 장애의 범위는 즉 특정 관계에서만 나타난다거나(예 : 남편과의 성생활에서만) 특정상황에서만 나타날 수도 있다.
내분비적 원인
내분비의 변화는 우선 성욕구에 영향을 미칩니다. 여성이 폐경기가 되면 혈중 에스트로젠(대표적 여성호르몬)이 감소되고 그에 따라 프로제스테론과 테스토스테론(대표적 남성호르몬)도 함께 감소하게 됩니다. 출산 직후나 모유를 주고 있는 여성도 여성 호르몬 수치가 감소하게 됩니다.

이들 시기의 여성은 낮은 테스토스테론의 영향으로 성욕구가 감소하며 더불어 에스트로젠이 낮기때문에 성적 흥분이나 극치감도 방해를 받을수 있습니다. 외성기로의 혈액순환도 감소하게 되어 외성기는 위축되고 음핵의 감각도 역시 무뎌지며 질벽은 얇아지고 윤활작용이 떨어져 성교행위시 통증도 있을 수 있습니다. 따라서 호르몬의 변화는 모든 단계의 성기능에 장애를 일으킬 수 있습니다.
약제
특정 약제들은 성욕망, 흥분 및 극치감 도달에 장애를 일으킵니다. 특히 몇 가지 항우울제는 성욕감퇴를 일으키기도 합니다. 이외에도 혈압강하제, 향정신성 약물, 수면제, 마약성 진통제, 경구 피임약 등도 성기능장애가 나타나게 할 수 있습니다. 이뇨제나 항히스타민제 같이 탈수를 조장하는 약제들은 질 점막도 건조시켜 성감을 감소시킵니다.
질환
질염, 방광염 등의 염증성 질환들은 통증을 생기게 하여 성기능장애를 초래할수 있습니다. 또한 당뇨가 남성 성기능장애의 대표적 질환이듯이 여성에서도 혈관과 신경에 장애를 일으켜 외성기로의 혈액순환과 감각에 이상을 일으키고, 고혈압, 동맥경화 등의 질환도 남성에서와 같이 성기능장애를 일으킵니다.
신경 및 근육손상
출산이나 교통사고 등의 골반손상, 수술 등에 의하여 신경이 손상받아 외성기의 감각에 장애를 일으킬수 있습니다. 나이를 먹음에 따라 질 근육의 긴장도가 떨어지고 자궁이 빠져나오는 등으로 성교가 어렵게 되며, 급성 질경련 등이 있을때는 통증도 생깁니다.
정신 사회적 원인
파트너와의 원만치 못한 관계, 성행위에 대한 부끄러움이나 죄의식, 성추행의 경험, 우울증이나 피곤함, 정신적 및 육체적 스트레스, 불안증 등은 모든 부분의 성기능장애를 초래할 수 있습니다.
기타
선천성 질 및 자궁의 기형이 있는 경우 통증이 있을 수 있습니다. 남성 성상대자가 성행위 기술에 있어 무지한 경우에도 여성이 불감증으로 남아 있을 수 있습니다.