요로결석이 생기는 원인은 크게 내적 요인과 외적 요인으로 나눌 수 있습니다.
내적인 요인
유전적 요인
인종에 따라 어느 정도 요로결석의 발생율에 차이가 있고, 북반구에 사는 유럽인이나 서양인들에서는 발생율이 높습니다. 또한 부모 중에 요로결석이 있었던 경우 자식이 요로결석에 걸릴 위험이 더 높다고 합니다. 일부 유전병의 경우 요로결석을 많이 만들어 내기도 합니다.

연령과 성별
30-50세에 요로결석이 가장 많이 발생하며 남자는 여자보다 약 2-3배정도 발생율이 높습니다.
외적인 요인
지역적 요인
미국에서는 인구 10,000명 중 남자 12.4명, 여자 3.6명에서 요로결석이 발견되었다고 하며, 독일은 남자 0.11%, 여자 0.05%에서 결석이 발견된다고 합니다. 대개 발생빈도는 전 인구의 약 1-2% 정도입니다. 또한 결석의 성분에 따라 어떤 특정 지역에서 그 발생율이 높게 나타나기도 하며 지역에 따른 음식과 기후 등에 따라 발생빈도도 다르게 나타납니다.

계절
계절적으로 7,8,9 月에 가장 발생율이 높습니다. 즉 기온이 높은 계절에 발생율이 높은데, 높은 기온은 땀을 많이 흘리게 하고 이로 인해 소변양이 줄어들게 됨에 따라 소변의 농도가 진해지므로 결석이 쉽게 발생하지 않는가 하고 생각됩니다.

수분섭취
수분을 많이 섭취하면 소변의 양이 증가하고 이로 인해 요로결석의 발생율을 낮출 수 있습니다. 결석 치료와 예방에 이것보다 좋은 방법은 없습니다.

음식
결석을 구성하는 성분이 많이 들어있는 음식을 과량 섭취하면 이러한 성분들이 소변으로 과량 배출되면서 이러한 성분들로 구성된 결석이 잘 생길 수 있습니다. 즉 칼슘이나 수산 등이 많은 음식물을 섭취하면 결석의 발생율이 증가할 수 있습니다.

약물
백내장 치료제, 위궤양 치료제, 이뇨제, 통풍 치료제, 비타민-C 등을 장기간 복용하면 결석의 생성을 촉진할 수 있습니다.

직업
오랫동안 앉아있는 직업을 가진 사람에게 발생율이 높고, 높은 온도의 환경에서 일하는 직업을 가진 사람에게도 그 발생율이 높습니다.

질병
칼슘결석은 칼슘 대사 이상을 나타내는 질환인 부갑상선기능항진증, 갑상선기능항진증, 다발성 골수증, 장기간 움직이지 못하고 누워있는 환자 등에서 잘 발생합니다.

수산결석은 수산을 적절히 처리할 수 없는 장염이나 장의 우회수술을 받은 환자에게 잘 발생합니다. 요산결석은 통풍환자, 당뇨병환자에게 잘 생길 수 있습니다. 이외에 요로감염이나 요로폐쇄가 있으면 요로결석이 생길 수 있는 가능성이 매우 높아집니다.